蛋黃含有較高的膽固醇，但也含有較高的卵磷脂、類胡羅蔔素及葉黃素（都可以防止動脈硬化），蛋黃的飽和脂肪酸佔總脂肪的比例也只有27%；因此對心血管疾病的影響有所爭論，有些研究會認為一天一顆雞蛋（蛋黃）對預防心血管疾病無害甚至有利、甚至少數研究顯示一天兩顆對心血管疾病患者也是沒問題的、有醫師認為健康的蛋奶素者甚至可以一天吃三顆雞蛋蛋黃；主要理由在於人體內的膽固醇主要是肝臟製造的，而當吃了多量的膽固醇，肝臟就會自動減少膽固醇的製造，因此不必太擔心食物內的膽固醇，而飽和脂肪的過量攝取才會刺激肝臟製造出超量的膽固醇。除了高膽固醇的疑慮外，雞蛋有良好且均衡的營養成分。另含有膽鹼、維生素A、維生素D、維生素E、維生素B群等營養成分。而近來在各國禁止使用肉骨粉飼養雞隻後，雞蛋的膽固醇含量開始下降。如果使用高ω-3脂肪酸飼料餵食母雞，雞蛋裡面會有較高量的ω-3脂肪酸，ω-3脂肪酸是現代飲食容易缺乏的脂肪酸，也被認為是可以減少心血管疾病、糖尿病、癌症、憂鬱症及不孕風險的脂肪酸（魚油膠囊就是為了補充ω-3脂肪酸）。

雞蛋另一個健康顧慮是很容易造成慢性食物過敏，慢性食物過敏是一種症狀不明顯、難以察覺的食物過敏。

不嚴格的素食主義者同樣可能食用蛋與奶類，稱為「奶蛋素」；而純素食者除非額外補充，否則很容易缺乏維生素B₁₂（主要來自於動物食品）^[1]。而一些研究認為，蛋奶素比純素更健康，因為純素會造成膽固醇過低，增加出血性中風風險。

雞蛋剖面圖。1.蛋殼；2.殼下皮；3.殼下皮；4.繫帶；9.胚盤；14.氣室。